水块可以通过多种方式生成，比如降雨、河流或玩家意外放置，清除水需要理解其物理特性，水总是向周围最低处流动。玩家可以使用空桶来直接收集水源，右键点击水块即可将水装入桶中，然后转移到安全地点排放或存储，这种方法简单直接，适用于处理小范围静水或流动水。除了桶，水泵工具也能用于抽水，将水泵放置在水源附近并连接空桶，可以高效地将水转移至其他区域。
海绵是游戏中专门设计用于清除水的工具，干燥海绵能吸收周围的水源方块，将其变为湿海绵，吸水范围大约在65格内。湿海绵可以通过熔炉烘干或在下界晾晒后恢复干燥状态，重复使用，这使得海绵成为处理中型水域的理想选择，尤其在海床或建筑内部排水时非常实用。玩家需要确保海绵放置位置覆盖水源点，以最大化吸水效果。
通过改变地形来控制水流是另一种常见方法，玩家可以挖掘沟渠或铺设斜坡引导水向最低处汇聚，然后再用桶或海绵清除。使用沙子、沙砾或泥土等材料围堵水源也能有效阻断水流，这些重力方块在放置时会自然下落并排开水体，填充后挖掘回收即可去除水，这种方法适合处理深水区或大型湖泊，但需要准备充足材料。
游戏指令提供了快速清除水的方式，比如使用/fill命令将特定坐标区域的水方块替换为空气方块，这对静态水和流动水均有效，但需通过调试界面获取准确坐标。/setblock指令可以放置空气方块来覆盖水，适合精确修正小范围问题，指令方法在创造模式或服务器中尤其方便，能避免手动操作的繁琐。玩家需注意区域过大会增加游戏负荷，合理规划使用以避免意外影响。
除了主要工具，玩家还可以利用游戏机制如岩浆与水互动，当流动水接触流动岩浆时会生成圆石，而水源与岩浆源结合则形成黑曜石，生成的方块可以挖掘掉以间接清除水。但需谨慎使用，避免在有可燃物附近操作以防火灾。结合多种方法，玩家可以根据水域大小和场景选择最适方案，提升游戏中的建造和探索效率。
